相傳十六世紀時，西班牙水手初次見到台灣時，不禁驚呼「美麗的島嶼（Ilha Formosa）」！這也是台灣擁有「福爾摩沙」美譽的由來。然而，台灣位處地震帶又多颱風等天然災害，加上人為開發造成資源過度開發等環境問題，以及全球暖化所引起的氣候變遷，屢次對這美麗的島嶼帶來嚴重衝擊。
面對未來無可避免的「新」氣候型態所帶來的嚴厲挑戰，我國必須以新思維加以因應並強化準備，但檢視目前有關自然資源管理、監測與研究等業務，卻分別由不同部會掌理。由於權責分屬不同部會，行政流程冗長，影響決策與服務效能，以及資源配置效率，行政機關間的決策整合更不容易，影響政府對於國土環境保育的整體發展及行政效率。
因此，行政院在進行組織改造之初即規劃成立「環境資源部」，作為環境永續發展的規劃者與執行者，透過整合污染防治及自然保育業務及相關機關，因應全球溫暖化帶來氣候變遷的新挑戰。
考量任何一個環保議題都牽涉到「氣、水、林、地」四項因素，並且環環相扣，因此在策略上，環境資源部組織設計以大氣圈、水圈、地圈、林圈為面向；以污染防治、氣候變遷、流域管理、災害防治及自然保育為主軸；以空氣、水、林、地及生態整合原則，統合對於環境與資源的保護、保育及管制工作，以落實業務與組織的合理劃分。
「環境資源部」成立後， 跟現行的「行政院環境保護署」有什麼不一樣？過去「行政院環境保護署」，比較趨近一個「環境糾察」的角色，而未來的「環境資源部」比較趨近問題的發現者及預防者。
